Kalkholmen har genomgått stora förändringar under det senaste århundradet. Namnet speglar platsens betydelse för kalkproduktionen i Pargas. Gårdar från Parsby- och Storgård och Tennby byar hade sina kalkugnar på holmen, där de brände kalk från det närliggande kalkbrottet. Till en början användes enkla jordugnar, men från och med 1870-talet ersattes dessa gradvis av större och effektivare cylinderugnar
Ångbåtsbryggan på Kalkholmen byggdes på 1880-talet i samband med att ångbåtsförbindelserna till Åbo förbättrades. Ångaren Aino var en av de första båtarna som lade till vid bryggan. Den ursprungliga bryggan låg längre österut, men en ny förbindelsebrygga byggdes senare närmare sågstranden. Ångbåtarna spelade en viktig roll för Pargasborna innan det fanns en fast broförbindelse till fastlandet.

Kalkbränningen på Kalkholmen upphörde gradvis efter att den industriella kalkbrytning och kalkbränningen började på orten 1898. Den ekonomiska verksamheten på Kalholmen fortsatte i nya spår, på holmen fanns flera företag och det största var ett sågverk som var aktivt mellan 1930- och 1960-talen. Här fanns också ett andelsmejeri, en kvarn och Pargas Andelshandels filial. I folkmun kallades sågverkets strand för ”Riparanta” eller ”Ribbstranden”.
Under 1980-talet revs både sågverket och den intilliggande kvarnen, och 1987 uppfördes Hotel Pargas på Kalkholmen.